به کارگیری روش های خوشه بندی در ریزآرایه dna

Authors

حمید علوی مجد

h alavimajd faculty of paramedicine, shahid beheshti university of medical sciencesدانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی محسن واحدی

m vahedi faculty of paramedicine, shahid beheshti university of medical sciencesگروه آمار زیستی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی یدالله محرابی

y mehrabi department of biostatistics, shahid beheshti university of medical sciencesدانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی بهار نقوی

b naghavi faculty of nursing and midwifery, shahid beheshti university of medical sciencesدانشکده پرستاری و مامایی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی

abstract

سابقه و هدف: به کارگیری فناوری ریزآرایه dna که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممکن می سازد، در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل مواردی چون نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی است. هدف این مقاله بررسی نحوه به کارگیری روش های آماری خوشه بندی در داده های ریز آرایه dna است. روش بررسی: در این تحقیق داده های سرطان پستان وانت ور و همکاران (2002) مربوط به جهش های ژنتیکی brca1 و brca2، تحلیل شده است. مجموعه داده ها شامل 18بیمار با جهش brca1 و 2 بیمار با جهش brca2 است. داده های بیان ژنی سرطان پستان با استفاده از روش های آماری سلسله مراتبی و غیر سلسله مراتبی خوشه بندی گردید. در هر دو روش خوشه بندی، داده ها به دو خوشه تقسیم شدند. روش های مختلف خوشه بندی با توجه به گروه بندی واقعی (brca1، brca2) مقایسه شدند. نرم افزار r برای تحلیل داده ها استفاده شد. یافته ها: ویژگی روش خوشه بندی سلسله مراتبی در تشخیص ژن brca1، 94 درصد و حساسیت آن 100 درصد بدست آمد. ویژگی روش خوشه بندی غیر سلسله مراتبی در تشخیص ژن brca1، 89 درصد و حساسیت آن 100 درصد بدست آمد که نشان دهنده عملکرد مناسب دو روش خوشه بندی است. روش خوشه بندی سلسله مراتبی بر اساس ادغام بر حسب میانگین مناسب ترین روش در بین همه روش های بررسی شده است. نمونه شماره 95 طبق نتایج همگی روش های خوشه بندی در گروه brca2 قرار گرفت در صورتی که بر اساس یافته های بالینی در گروهbrca1 قرار دارد. نتیجه گیری: با توجه به انطباق قابل توجه نتایج خوشه بندی با گروه بندی واقعی داده ها، می توان از این روش های آماری در مواردی که اطلاع دقیقی از گروه بندی واقعی داده ها در دست نیست، استفاده کرد. به علاوه نتایج خوشه بندی ممکن است زیر گروه هایی از نمونه ها را به نحوی متمایز کند که برای انطباق آن با یافته های بالینی، پژوهش های آزمایشگاهی یا بالینی جدیدی لازم باشد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

به کارگیری خوشه بندی فازی در ریزآرایه dna

سابقه و هدف: فناوری ریزآرایه برای بررسی همزمان بیان هزاران ژن در بازه وسیعی از ژنومیک، نظیر شناسایی ژنها، اکتشاف داروها و تشخیص های کلینیکی مورد استفاده قرار گرفته است. آزمایشهایی که بر اساس فناوری ریزآرایه انجام می شوند حجم بسیار زیادی از داده ها را فراهم می کنند که در مطالعات بیولوژیک بی نظیر بوده است. نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... از جمله روشهای مورد استفاده در تحلیل آماری این نوع د...

full text

به کارگیری روش‌های خوشه‌بندی در ریزآرایه DNA

Background: Microarray DNA technology has paved the way for investigators to expressed thousands of genes in a short time. Analysis of this big amount of raw data includes normalization, clustering and classification. The present study surveys the application of clustering technique in microarray DNA analysis. Materials and methods: We analyzed data of Van’t Veer et al study dealing with BRCA1...

full text

به کارگیری خوشه بندی دوبعدی با روش «زیرماتریس های با میانگین- درایه های بزرگ» در داده های بیان ژنی حاصل از ریزآرایه های dna

مقدمه و هدف: در سال های اخیر، فناوری ریزآرایه ی dna نقش اساسی در تحقیقات ژنومی داشته ­است. با استفاده از این فناوری که امکان آنالیز هم­زمان سطوح بیان هزاران ژن را در شرایط مختلف فراهم­آورده­است، به حجم انبوهی از داده ها دست­می یابیم. روش های کلاسیک خوشه بندی نظیر روش های سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی، روش هایی مناسب برای تحلیل این­گونه داده ها هستند اما محدودیت هایی نیز دارند. در این روش ها فر...

full text

به‌کارگیری خوشه‌بندی فازی در ریزآرایه DNA

سابقه و هدف: فناوری ریزآرایه برای بررسی همزمان بیان هزاران ژن در بازه وسیعی از ژنومیک، نظیر شناسایی ژنها، اکتشاف داروها و تشخیص‌‌های کلینیکی مورد استفاده قرار گرفته است. آزمایشهایی که بر اساس فناوری ریزآرایه انجام می‌شوند حجم بسیار زیادی از داده‌ها را فراهم می‌کنند که در مطالعات بیولوژیک بی‌نظیر بوده است. نرمال سازی، خوشه‌بندی، طبقه‌بندی و ... از جمله روشهای مورد استفاده در تحلیل آماری این نوع ...

full text

ارایه شاخصی جدید جهت سنجش اعتبار خوشه بندی در الگوریتم های خوشه بندی فازی نوع-2

One of the main issues in fuzzy clustering is to determine the number of clusters that should be available before clustering and selection of different values for the number of clusters will lead to different results. Then, different clusters obtained from different number of clusters should be validated with an index. But so far such an index has not been introduced for interval type-2 fuzzy C...

full text

طبقه بندی سنگ ‏های ساختمانی از دیدگاه قابلیت برش با استفاده از روش خوشه بندی فازی

پیش بینی قابلیت برش سنگ به عنوان یکی از فاکتورهای موثر در تخمین هزینه‏ها و پیش بینی میزان تولید یک کارخانه فرآوری سنگ از اهمیت بالایی برخوردار می‏باشد. بنابراین شناخت کامل سنگ‏های ساختمانی و ارزیابی توان اجرایی دستگاه‏های برش در کارخانه‏های فرآوری، طراحان و برنامه‏ریزان تولید را به سمت بهبود سرعت فرآوری و افزایش تولید سوق می‏دهد. از اینرو، به کارگیری روش‏های نو و کاربردی برای دست‏یابی به این اه...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
پژوهش در پزشکی

جلد ۳۱، شماره ۱، صفحات ۱۹-۲۵

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023